La trama di Kore wa Zombie Desu ka? è incentrata su un liceale pigro e svogliato di nome Ayumu Aikawa, ucciso in una serie di misteriosi omicidi. Quando tutto sembra ormai perso, Ayumu però viene resuscitato come zombie da una negromante di nome “Yu” (Eucliwood Hellscythe), incontrata dal ragazzo poco prima di morire. Risvegliato in un mondo fuori dal comume, Ayumu si ritrova circondato da maho shoujo (ragazze armate con accessori magici) e vampiri ninja; come se ciò non bastasse, ancora stordito, il ragazzo viene assegnato a una delle magiche guerriere, Haruna.
